于康震回忆说，1993年以前，禽流感对中国鸡群来说还只是一个从未遇到的“国外病”。1996年，哈尔滨兽医研究所从广东送检的病毒分离物中鉴定出H5N1亚型禽流感病毒，这是中国最早发现的高致病力禽流感病毒。1997年香港暴发了高致病性禽流感疫情，还引起人的发病和死亡，轰动世界。于康震在当时发表的论文中写道，禽流感将成为威胁我国畜牧业安全的大敌之一，必须加强这方面的研究，而且防控工作要做打持久战的准备。本来正在进行H9亚型禽流感病毒研究的于康震，从那时起，便把研究工作的重点转到了H5上。

1994年，于康震从美国加利福尼亚大学回到中国农业科学院哈尔滨兽医研究所，开始组建禽流感的研究队伍。当时对禽流感的研究并不是“热门”。

1996年，于康震主持的“禽流感疫病诊断和病毒分型技术的研究”课题建立了病毒的分离、鉴定、诊断体系，解决了禽流感的诊断问题，但这还远远不够，更重要的是如何对付它，要有有效、实用的预防控制技术。于康震和他的团队开始了禽流感疫苗研制的新的征程。

国际上共同遵守的一个规则是不允许用高致病力的禽流感病毒来研制疫苗。怎么办？于康震当时只有1株分离于1973年的低致病力国际标准毒株，然而在实验的过程中发现，它达不到疫苗生产所需的要求。后来就只好选育，不断筛选好的、长得快的毒株。“还好，我们运气好，1999年我们终于筛选出一个比较好的，产量比较高，当时非常高兴。”

H5N2疫苗在2003年获得农业部颁发的新兽药证书，成为我国第一个研制成功并应用于H5亚型高致病性禽流感防治的疫苗。国外以前的实验结果是，禽流感疫苗免疫之后，鸡可以不死亡，但是病毒还是会感染。禽表面上正常，但是病毒在禽类体内繁殖，之后排泄出来，这样的话，情况可能更糟，因为免疫带毒的禽可能成为危险的传染源。而中国的疫苗免疫之后，不仅保证鸡不发病不死亡，还能阻止病毒感染，就不存在排毒的问题。H5亚型禽流感灭活疫苗在我国防控禽流感工作中发挥了巨大作用，这一疫苗的研制和应用获得了2005年度国家科学技术进步一等奖。

中国防治禽流感工作取得明显成效，国外有人说中国有“天兵天将”。而于康震把它归功于多年来的科研积累：“从1994年开始，10年时间了，我们早就开始研究了。”于康震同时还强调说：“如果没有中央的高度重视，没有国家的政策、法律、组织和资金的保障，我们的成果不可能如此大规模应用。”

对工作，于康震要求严格，是典型的科学家的严谨；而在生活中他是一个随和的人。哈尔滨兽医研究所的工作人员现在还非常怀念于康震在所里的那段日子，学生们、同事们对他的评价是：“很会带队伍。”于康震会在工作之余带着同事、学生们一起吃饭，有学生过生日，他会组织大家庆祝。学生们说：“于老师很会调节气氛，吃饭的时候有了他，气氛就变得非常轻松，非常融洽，他很幽默，我们很喜欢和他在一起。”